Распутин использует один из традиционных символов жизни — дерево. Старая лиственница — «царский листвень» — является символом мощи природы. Ни огонь, ни топор, ни современное орудие — бензопила — не могут справиться с ним.
В повести много традиционных символов. Однако иногда они приобретают новое звучание. Образ весны знаменует не начало расцвета, не пробуждение («опять запылала по земле и деревьям зелень, пролились первые дожди, прилетели стрижи и ласточки»), а последнюю вспышку жизни, конец «нескончаемого ряда дней Матеры — ведь совсем скоро Ангара по воле строителей электростанции затопит землю водой.
Символичен образ Дома. Он изображен одухотворенным, живым, чувствующим. Перед неизбежным пожаром Дарья убирает Дом, как убирают покойника перед похоронами: белит, моет, вешает чистые занавески, топит печь, убирает углы ветками пихты, молится всю ночь, «виновато смиренно прощаясь с избой». С этим образом связан и образ Хозяина — духа, домового Матеры. Накануне затопления слышится его прощальный голос. Трагическим завершением повествования является ощущение конца света: герои оставшиеся последними на острове, чувствуют себя «неживыми», брошенными в разверстой пустоте». Ощущение потусторонности усиливает образ тумана, в котором скрывается остров: Кругом были только вода и туман и ничего, кроме воды и тумана».
Главный же символ является читателю уже в заглавии. «Матера» — это и название деревни, и острова, на котором она стоит (этот образ ассоциируется и со Всемирным потопом, и с Атлантидой), и образ матери-земли, а метафорическое название России, родной страны, где «от края до края... хватало... и раздолья, и богатства, и красоты, и дикости, и всякой твари по паре».