РСЧС состоит из территориальных и функциональных подсистем и имеет пять уровней: федеральный, региональный, территориальный, местный и объектовый.
Территориальные подсистемы создают в субъектах Российской Федерации для предупреждения и ликвидации чрезвычайных ситуаций в пределах их территорий, и состоят они из звеньев, соответствующих административно-территориальному делению этих территорий.
Функциональные подсистемы создают федеральные органы исполнительной власти для организации работы по защите населения и территорий от чрезвычайных ситуаций в сфере их деятельности и порученных им отраслях экономики. Таких подсистем насчитывается около тридцати. В частности, это подсистемы наблюдения и контроля за стихийными гидрометеорологическими и геофизическими явлениями и состоянием окружающей среды на базе Росгидромета; охраны лесов от пожаров на базе Федеральной службы лесного хозяйства Российской Федерации; контроля обстановки на потенциально опасных объектах на базе Госгортехнадзора России и Госатомнадзора России; сейсмологических наблюдений и прогноза землетрясений на базе Российской академии наук.