Наиболее острыми экологическими проблемами для всех морей России является загрязнение непосредственными стоками в море, водами рек впадающих в моря, сбросами технических вод судов, техногенные аварии связанные с утечкой нефтепродуктов, неконтролируемый вылов биоресурсов, разница только в их степени актуальности.
По мнению российских ученых одним из самых грязных морей России является Черное море.
Побережье Чёрного моря и бассейн рек, впадающих в него, являются районами с высоким антропогенным воздействием, плотно заселёнными человеком ещё с античных времён. Экологическое состояние Чёрного моря в целом
неблагоприятное.
Среди основных факторов, нарушающих равновесие в экологической системе моря следует выделить:
- сильное загрязнение впадающих в море рек, особенно стоками с полей,
содержащими минеральные удобрения, в особенности нитраты и фосфаты. Это влечёт за собой переудобрение (эвтрофикацию) вод моря, а, как следствие, -бурный рост фитопланктона («цветение» моря - интенсивное развитие сине-зелёных водорослей), уменьшение прозрачности вод, гибель многоклеточных водорослей;
- загрязнение вод нефтью и нефтепродуктами (самыми загрязнёнными районами
являются западная часть моря, на которую приходится наибольший объём танкерных перевозок, а таюке акватории портов). Как следствие, это приводит к гибели морских животных, попавших в нефтяные пятна, а также загрязнению атмосферы за счет испарения нефти и нефтепродуктов с поверхности воды;
- загрязнение вод моря отходами человеческой жизнедеятельности - сброска неочищенных или недостаточно очищенных сточных вод и т. п.
- массовый вылов рыбы.
-запрещенное, но повсеместно используемое донное траление, уничтожающее донные биоценозы.
Изменение состава, уменьшение количества особей и мутация водного мира под воздействием антропогенных факторов (в том числе замена коренных видов природного мира экзотическими, появляющимися в результате воздействия человека). Так, например, по оценкам специалистов поголовье черноморской афалины сократилось с 56 тысяч до семи тысяч особей.
На Черном море, не только в прибрежных, но и в открытых водах моря был обнаружен избыток органических веществ. Произошли изменения в структуре биологических сообществ - практически исчезли рыбы-хищники, сократилось поголовье дельфинов, необычно размножилась медуза аурелия и водоросль ночесветка, исчезает придонное, ранее обширное поле водоросли филлофоры... В северо-западной мелководной зоне моря летом ежегодно появляются обширные заморные зоны.
По мнению ряда специалистов экологическое состояние Чёрного моря за последнее десятилетие ухудшилось несмотря на снижение экономической активности в ряде причерноморских стран.