В архейскую эру происходят крупные изменения — ароморфозы: появляются организмы эукариоты, многоклеточные организмы, фотосинтез. В результате изменений климата естественным отбором сохранялись организмы, у которых формировались приспособления, соответствующие среде обитания. Это обусловило эволюцию живой природы, формирование новых видов. В конце архейской эры появились первые зеленые водоросли — эукариоты — организмы с оформленным ядром. Повысилась надежность хранения и передачи генетической информации, поскольку в ядрах клеток сосредоточилась почти вся ДНК. Формирование многоклеточных организмов положило начало дифференциации органов и тканей, специализации клеток, их приспособленности к выполнению определенных функций. В протерозойскую эру произошли основополагающие ароморфозы: важнейшим ароморфозом было появление дыхания; появились многоклеточные организмы — созданы предпосылки для специализации клеток, увеличения размеров и усложнения организмов; возникло половое размножение (комбинативная изменчивость), при котором слияние генетического материала разных особей поставляло материал для естественного отбора; важнейшим ароморфозом стало образование двусторонней симметрии у активно передвигающихся организмов.