Эта специфическая среда обитания представлена телами самих организмов – растениями, животными, в том числе и человеком. Они используются другими организмами, главным образом паразитическими бактериями, грибами и некоторыми беспозвоночными животными, а также симбиотическими простейшими и водорослями, в качестве места для жизни и источника питательных веществ.
Внутриорганизменная среда имеет ряд преимуществ: стабильные температурные и газовые условия, достаточное количество воды и пищи, защищённость от неблагоприятных внешних воздействий. Вместе с тем организмы-паразиты и симбионты испытывают ряд трудностей, связанных с образом жизни. Главными из них являются ограниченность жизненного пространства, сложность распространения паразита и симбионта (от одного хозяина к другому) и ответные защитные реакции со стороны организма-хозяина.
Постоянство условий обитания привело к тому, что у многих организмов-паразитов, например ленточных червей, в процессе эволюции произошла утрата органов передвижения, чувств и пищеварения. Сложность распространения паразита от одного хозяина к другому компенсировалась колоссальной плодовитостью паразитических организмов. У многих паразитов в ответ на действие организма-хозяина вырабатываются специальные приспособления – плотные покровы тела, особые органы прикрепления, позволяющие им удерживаться в теле, противостоять защитным реакциям.