Привилегированное положение янычар, постоянное увеличение их численности, а также отход от базовых установок корпуса привел в итоге к его деградации, К концу XVI века численность янычар достигла 90 тысяч, из элитного военного соединения они превратились во влиятельную политическую силу, которая подтачивала империю изнутри, устраивала заговоры и мятежи. С начала XVI века рекрутская система отбора янычар стала претерпевать серьезные изменения, в корпусах оказывалось все больше турок произошел отход от принципа безбрачия, янычары начали обзаводиться семьями, которые требовали все больших и больших вложений.
Дети янычар получили право зачисления в орты с самого рождения, при этом они наделялись соответствующими льготами. Янычары стали превращаться в наследственный институт, со всеми вытекающими из этого плачевными последствиями. Конечно, такое положение многих не устраивало. То и дело после мятежей устраивались показательные казни янычар, но кардинально вопрос не решался. Возник даже феномен "мертвых душ", когда в янычары кого только ни записывали, лишь бы получать дополнительный паек и льготы.