Вдоль тела с верхней стороны тянется спинной плавник. Он переходит в хвостовой плавник. Парных плавников у ланцетника нет. Кожные покровы очень тонкие, сквозь них просвечивают внутренние органы.
Внутренний осевой скелет представлен хордой, тянущейся вдоль тела. Хорда и лежащая над ней нервная трубка окружены соединительно-тканной оболочкой. От центральной нервной системы (нервной трубки) отходят многочисленные нервы – чувствительные (воспринимающие раздражение) и двигательные (передающие возбуждение мышцам). Нервы образуют периферическую нервную систему. В коже находится осязательные клетки, в нервной трубке среди других нервных клеток – светочувствительные глазки.
Под хордой расположена пищеварительная трубка. Передний отдел ее – глотка – имеет жаберные отверстия. Поэтому глоточный отдел кишечника выполняет функции ка пищеварительной, так и дыхательной систем. В межжаберных перегородках проходят жаберные артерии (тонкие кровеносные сосуды), через которые в кровь поступает кислород, а в воду выделяется углекислый газ. Газообмен происходит за счет разницы давлений газов, которые поступают в места с меньшим давлением.
На дне глотки находится желоб, выстланный мерцательными клетками. Движения ресничек создают поток воды, который омывает жабры. Мелкие пищевые частицы, попавшие в глотку, склеиваются и потоком воды направляются далее по пищеварительной трубке.
Передний конец тела окружен складкой кожи, которая образует околожаберную полость. Это защищает жаберные щели от попадания в них твердых частиц.