Амур занимает первое место среди всех дальневосточных рек по водонаполнению. Половодье на реке выражено слабо, паводки имеют достаточно высокий уровень. Как правило, летом их достаточно много, а именно этот факт провоцирует разливы. Таков водный режим реки Амур, и его зависимость от климата достаточно очевидна. Чем больше осадков будет выпадать, тем сильнее увеличивается вероятность наводнения. Практически вся площадь реки располагается в районе муссонного климатического пояса (а точнее, в его северном варианте). Это объясняет то, что летом и зимой здесь преобладают холодные ветра. Место соединения Шилки и Аргуни, то есть исток реки, чаще всего поддается влиянию западных масс. Годовой сток сильно зависит от водного режима. Например, верхнее течение имеет сравнительно высокие показатели, в то время как нижнее и среднее обладает пониженной водностью. По типу стока Амур делится на 4 части: с малым, умеренным, пониженным и высоким уровнями. Практически все они имеют один и тот же характер течения, разница заключается лишь в питании и климате. В основном река питается дождевыми (ливневыми) водами. Снеговое питание имеет значение лишь в тех случаях, когда зимой выпадает достаточное количество осадков.
Амур имеет значение в судоходстве и рыболовстве.