Обе империи поделили свои владения на отдельные колонии. В обоих империях власть была в руках у чиновников, присланных из метрополии. Но Испания относилась к этому более строго. Там считалось, что солнце на другой стороны Земли плохо влияет на разум человека, потому выросшие в колониях пусть даже белые люди не имели шансов занять высшие посты в колониальной администрации, а присланные из метрополии могли занимать пост лишь ограниченный срок.
В обеих колониальных империях огромные прибыли приносили рудники и плантации. Первое время основу этих прибылей составляли золото и серебро, позже – товарные культуры вроде табака и особенно сахарного тростника. В обеих империях и рудники, и плантации, а значит большие земельные угодья передавались во владение выходцам из Европы, которые постепенно составили местную (так называемую креольскую) элиту.
В обеих колониальных империях гибель индейцев была массовой, но в основном не из-за непосильной работы на европейцев, а из-за завезённых последними болезней. Однако в большинстве испанских колоний цивилизованные индейцы жили более скученно, чем первобытные племена в португальских, потому в испанской части Америки гибель местных жителей была более массовой.
Отношения испанской администрации с индейцами были более сложными, чем португальской. Происходило это потому, что испанцы управляли жителями ранее существовавших великих цивилизаций, а португальцы – первобытными племенами. В частности, в португальских колониях так и не было запрещено обращать индейцев в рабство. А в испанских наоборот индейцы были приравнены к испанских крестьянам. Это дало им больше прав перед индейской же знатью.