Рассматривая итоги опричного правления, важно понять его влияние на все стороны общественной жизни: политическую, социальную, экономическую и духовную.
Во-первых, за годы опричнины страна значительно продвинулась вперед по пути централизации: ослабло влияние титулованного московского боярства; со смертью Владимира Старицкого исчезло последнее удельное княжество; с низложением митрополита Филиппа Колычева нарушались прежние отношения государства и церкви; с разгромом Новгорода окончательно подрывалась общественная самодеятельность «третьего сословия».
Во-вторых, опричнина наряду с Ливонской войной вызвала экономический кризис в стране. Села центра и северо-запада, где побывали «опричные экспедиции», обезлюдели. Многие крестьяне либо были убиты, либо бежали в Литву, на Дон или новые восточные земли, либо их вывезли в свои поместья опричники. Большинство владельцев вотчин и поместий было разорено. По кадастровым земельным книгам, на Псковщине и Новгородчине 90% сельскохозяйственных земель не возделывалось. В Московском уезде, по писцовым книгам, обрабатывалось лишь 15% пашни.
В-третьих, следствием сокращения посевных площадей стал голод. По свидетельству современника, люди убивали друг друга за кусок хлеба. Общие потери населения от террора, чумы и голода составили 500 тыс. человек (население России в целом составляло 7–9 млн жителей).
В-четвертых, опричнина, разорив крестьян и стимулировав их бегство, послужила одной из причин принятия первых закрепостительных актов. В 1581 г. был издан указ «о заповедных летах», в которых запрещались переходы крестьян. Помещики, потеряв часть людей, пытались получить большой оброк с оставшихся.
В-пятых, были подорваны резервы России в целом. Еще в 1565 г. Иван Грозный взял с земщины себе «на подъем» 100 тыс. рублей. По тем временам на эти деньги можно было купить 5 млн пудов ржи или 100 тыс. рабочих лошадей.