Фантастическими кажутся в романе «медицинские» проблемы омоложения и сотворения человека. И то, вторую проблему профессор Преображенский серьёзной научной проблемой не считает: «зачем нужно искусственно фабриковать Спиноз, когда любая баба может его родить когда угодно». Фантастической кажется и проблема перевоспитания Шарикова, которого трижды судимый алкоголик Клим Чугункин «наградил» дурной наследственностью. Герои повести убеждаются в её неразрешимости и, отчаявшись, превращают Шарикова обратно в пса. Так, Булгаков показывает всю абсурдность стремления советской власти создать «нового человека» из пролетариата, низов общества.
Реальной является проблема «разрухи в головах» людей, которая началась после 1917 года. Словами профессора Преображенского автор подсказывает решение этой проблемы: если пролетарий «вылупит из себя всякие галлюцинации и займется чисткой сараев - прямым своим делом, - разруха исчезнет сама собой». Реальным и угрожающим выглядит конфликт между пролетариатом и интеллигенцией, представителями которой выступают в романе профессор и доктор. «Социалистическая революция» наделяет низы общества неслыханной властью, которая позволяет им приказывать умнейшим, образованнейшим людям того времени. С этой проблемой автор связывает и проблему сопротивления интеллигенции. Профессор Преображенский, как бы ни раздражал его Швондер, как бы ни выводил из себя Шариков, запрещает насилие. А доктор Борменталь представляет собой интеллигента нового типа, готового силой отстаивать свои идеалы