Температурные программы для каждого химического элемента различаются и оптимизированы для достижения максимальной чувствительности измерения и устранения влияния матрицы.
В ходе стадии сушки кювета нагревается до температуры, при которой происходит испарение растворителя, но не происходит заметных изменений в составе компонентов пробы. Пары растворителя удаляются из графитовой кюветы потоком инертного газа.
В ходе стадии озоления температуру печи увеличивают до максимально возможной, не приводящей, тем не менее, к потерям атомов аналита. При этом состав пробы упрощается, продукты термического разложения удаляются потоком инертного газа. Это существенно снижает влияние неоднородности состава пробы на результаты анализа (матричный эффект) и снижает неселективное поглощение света на стадии атомизации.
В ходе стадии атомизации температуру печи увеличивают до величины, достаточной для полного испарения свободных атомов аналита во внутренний объём графитовой кюветы. Поглощение света атомами аналита фиксируется детектором именно на этой стадии.
Завершает температурную программу стадия очистки, при которой температуру увеличивают до максимально возможного значения и продувают внутренний объем графитовой кюветы инертным газом, чтобы очистить ее от остатков пробы.