Гипотеза нейтральной эволюции — это теория, утверждающая, что подавляющее число мутаций на молекулярном уровне носит нейтральный по отношению к естественному отбору характер. Мутации не вызывают существенных изменений в структуре и функциях белков, не имеют приспособительного значения и распространяются вопреки естественному отбору. Как следствие, значительная часть внутривидовой изменчивости (особенно в малых популяциях) объясняется не действием отбора, а случайным дрейфом мутантных аллелей, которые нейтральны или почти нейтральны.
С такой гипотезой трудно согласиться, потому что эволюция совершающаяся лишь на основе случайного комбинирования мутаций, не могла бы идти теми темпами, которыми она происходит, в конечном итоге организмы любого вида вымерли бы раньше, чем возникла бы случайная комбинация нейтральных мутаций.
СТЭ — отличается от других эволюционных концепций стройной системой логических рассуждений и доказательств, связью с практической деятельностью человека. На сегодняшний день достойной альтернативы СТЭ не существует.