Значение в природе губки являются фильтраторами, то есть попросту питаются тем что отфильтруют и соответственно в некоторой степени ответственны за очистку водоема от загрязнений.
Так же разумеется губки участвуют в пищевой цепи, некоторые животные ими попросту питаются. Хотя во взрослой своей стадии губки мало съедобны, однако пока они молоды их вполне едят морские слизни, моллюски, некоторые рыбы. Тело губки очень часто бывает укрытием и домом для многих других животных.
Использование человеком:
Тело морских ''туалетных" губок высушивали и использовали для мытья тела. И сейчас их резиновых и поролоновых наследниц мы по традиции тоже называем губками. Сейчас туалетные губки используются, пожалуй, только для особо тонкой шлифовки оптического стекла. Поскольку в природе их осталось не очень много, люди научились их разводить, пользуясь способностью губок к регенерации. Маленькие кусочки губки прикрепляют проволочкой к какому-то неподвижному субстрату на дне и оставляют на несколько лет, по истечении которых снимают «урожай» .
Пресноводные губки известны как сырье для фармакологической промышленности (мазь от синяков например делается на основе бадяги) . Морские губки также используются например для получения лекарственных препаратов с высоким содержанием йода.