В пищевой промышленности применяются молочнокислые бактерии и дрожжи. Молочнокислые бактерии и дрожжи используют при сквашивании молочных продуктов и овощей, переработке какао — бобов, изготовлении дрожжевого теста.
В бродильной микрофлоре, помимо молочнокислых бактерий, присутствуют дрожжи, состоящие с бактериями в сложных симбиотических отношениях. Подобная бродильная закваска с дрожжами используется в хлебопекарной промышленности, особенно при выпечке ржаных хлебов.
При изготовлении твердых сыров используют пропионовокислые бактерии.
В промышленности бактерии используют для избирательного извлечения вещества из сложных соединений, растворяя их в воде (железобактерии, серобактерии). Таким образом извлекаются полезные химические вещества из руд, производственных отходов, удаляются ненужные примеси — мышьяк из руд цветных и черных металлов.
Создание многих медицинских препаратов создано на основе бактерий (антибиотики, инсулин и интерферон, ферменты сенной палочки Bacillus subtilis разрушают продукты гнилостного разложения).
Современные биотехнологии позволяют осуществлять производство ферментов, гормонов, антибактериальных препаратов и витаминов.