На протяжении большей части XX века прокариоты считались единой группой и классифицировались по биохимическим, морфологическим и метаболическим особенностям.
Впервые археи были выделены в качестве отдельной группы прокариот на филогенетическом древе в 1977 году Карлом Вёзе и Джорджем Эдвардом Фоксом.
Археи на молекулярном уровне заметно отличаются как от бактерий, так и от эукариотов. Отличия наблюдаются в компонентах синтеза белка, структуре клеточной стенки, биохимии (только среди архей есть метаногены) и устойчивости к факторам внешней среды (большая часть — экстремофилы).
Отдельные клетки архей достигают от 0,1 до 15 мкм в диаметре и могут иметь различную форму: шара, палочки, спирали или диска, дольчатые, идеально прямоугольные и др. У архей обнаружены белки, родственные компонентам цитоскелета других организмов, а так же показано присутствие филаментов в их клетках, однако у архей, в отличие от других организмов, эти структуры плохо изучены. Археи размножаются бесполо: бинарным делением, фрагментацией, почкованием. В отличие от бактерий и эукариот, ни один известный вид архей не формирует спор.
Первое время считалось, что археи населяют только места с экстремальными условиями: горячие источники (там обнаружены первые представители архей), солёные озёра. Однако к концу XX века микробиологи пришли к выводу, что археи — большая и разнообразная группа организмов, широко распространённая в природе. Многие виды архей населяют вполне обычные среды обитания, например, почвы или воды океана.
Археи вторично используют такие элементы, как углерод, азот и серу в своих различных средах обитания. Хотя такие превращения необходимы для нормального функционирования экосистемы, археи могут также содействовать вредным изменениям, вызванным деятельностью человека, и даже вызвать загрязнение.
Тезисы: 1. Археи — домен живых организмов (по трёхдоменной системе Карла Вёзе наряду с бактериями и эукариотами). 2. Археи — микроорганизмы, живущие не только в экстремальных условиях. 3. Очень просто устроенные организмы. 4. У архей есть признаки и бактерий и эукариот.