Клетка простейших отделена от окружающей среды клеточной оболочкой. У одних видов она тонкая и устроена просто. Такая клетка легко изменяет свою форму. У других видов оболочка плотная, имеет сложное строение, и клетка форму не меняет. У некоторых простейших клетка окружена плотной клеточной стенкой, как у растительной клетки. Простейшие могут передвигаться — медленно ползать или активно плавать. Для этого они используют различные приспособления — ложноножки (выпячивания клетки), жгутики и реснички.
Клетка пресноводных простейших содержит все органоиды, характерные для клетки животных. Расположены они в цитоплазме и выполняют те же функции, что и системы органов у многоклеточного организма. Особые органоиды имеются у пресноводных видов — сократительные (выделительные) вакуоли. Они помогают выводить из клетки лишнюю воду, а вместе с ней и жидкие вредные продукты жизнедеятельности.
Дышат простейшие кислородом, растворённым в воде, через всю поверхность тела. Наружу при дыхании выделяется углекислый газ.