Основные идеи:
1) сцепленное наследование данного признака с геном, локализация которого известна, или с полом;
2) корреляция случаев аномального проявления или аномального наследования этого признака с необычным количеством или необычной морфологией какой-то из хромосом
3) активный синтез РНК на какой-то хромосоме непосредственно перед проявлением данного признака. При использовании специальных способов выделения и окраски хромосом это может быть видно в световой микроскоп.
4) если известна последовательность гена, отвечающего за данный признак (возможно - у родственного вида), то его можно локализовать по связыванию с комплементарной цепью ДНК (или РНК).
5) можно также выделить РНК из рибосом, на которых активно синтезируются белок - продукт данного гена, и выявить хромосому с помощью такого РНК-зонда. Просто по строению белка однозначно определить кодирующую его ДНК нельзя, т.к. одна аминокислота может соответствовать различным триплетам ДНК, а в "подозрительных" участках ДНК не известна рамка считывания.