Функции пигментов бывают самые разные:
1. Пигменты придают окраску шерсти, перьям, чешуе, коже и т. п. животных. О том, для чего бывает нужно, чтобы всё тело или часть его имела какой-нибудь цвет, можно говорить очень долго, но это, увы, не относится к ответу на данный вопрос. Также пигменты придают окраску лепесткам цветов, плодам и т. п. Для придания окраски своему телу можно использовать и чужие пигменты (например, гусеница, съевшая лист какого-то растения, становится зелёной от просвечивающего сквозь кожу и стенки кишечника хлорофилла.
2. Пигменты могут делать непроницаемыми для видимого света отдельные части тела или органы животного, или всё его тело. Например, пигменты радужной оболочки глаза млекопитающих, делая её непрозрачной, позволяют регулировать размер зрачка.
3. Пигменты могут защищать организм, например, от действия ультрафиолетового излучения (они его поглощают). Например, меланин в коже человека защищает от ультрафиолетового излучения глубже лежащие ткани. Иногда такие пигменты локализуются не только в коже, но и в оболочках, окружающих внутреннюю полость организма (например, у пустынных рептилий).
4. Пигменты могут служить для поглощения света, это бывает нужно, например, для фотосинтеза (свет поглощает хлорофилл) или использоваться в зрительной системе (свет поглощается родопсином). Световая энергия в этих и подобных случаях преобразуется в другие виды энергии, которые могут запасаться или использоваться для каких-то специальных целей.
5. Разные вещества, выполняющие в организме разнообразные функции, не связанные с поглощением или отражением света, могут быть окрашенными, то есть являться пигментами. В качестве примеров таких веществ можно привести так называемые дыхательные пигменты, например, гемоглобин, гемоцианин и др. Таким образом, пигменты могут выполнять почти любые функции (то есть все те для которых окраска не является помехой).