Во-первых, существуют признаки, которые не подвергаются изменению даже в связи с паразитизмом, например, наличие полости тела. Если полости тела нет, то, скорее всего, мы имеем дело с плоским червем, если она есть, но не имеет собственной эпителиальной выстилки, то данное животное относится к круглым червям, если имеет - то данный паразит - кольчатый червь или членистоногое. Другим подобным признаком может быть строение наружных покровов. Разумеется, нужно также выяснить, не является ли наш организм одноклеточным.
Во-вторых, нужно изучить эмбриональное развитие этого животного, а именно: тип дробления яйца, способ образования гаструлы, строение личинки. Такие признаки обычно сохраняются в неизменности.
В-третьих, можно использовать данные по биохимии этого организма. Например, если окажется, что он способен к анаэробному обмену, можно предположить, что перед нами представитель круглых червей.
Наконец, принадлежность животного к тому или иному типу можно выяснить путем изучения сходства его ДНК с ДНК других животных.