"Лишние" субъединицы могут быть нужны для: 1) регуляции скорости работы фермента (если служат для связывания активаторов или ингибиторов или сами являются ингибиторами); 2) обеспечения специфичности связывания субстрата, который использует каталитическая субъединица (а сама каталитическая субъединица вовлекала бы в реакцию разнообразные субстраты); 3) регуляции других функций фермента (если связываются с ДНК или являются молекулами-рецепторами, или передают продукт реакции другим ферментам, или осуществляют крепление на мембране); 4) того, чтобы молекула фермента могла участвовать в нескольких стадиях реакции: например, вовлекать в дальнейшую ферментативную обработку продукт деятельности "основной" каталитической единицы, или поставлять энергию для деятельности "основной" единицы (у АТФ-синтетазы есть 2 функции: синтезировать/гидролизовать АТФ и служить переносчиком через мембрану ионов Н+; в одних условиях Н+ переносятся по градиенту концентрации и выделяющаяся энергия расходуется на синтез АТФ, в других условиях энергия, выделяющаяся при гидролизе АТФ, расходуется на перенос Н+ против градиента концентрации), или потреблять энергию, выделяющуюся при реакции (у миозина одна из субъединиц отвечает за гидролиз АТФ, а другая - за передвижение вдоль актина); иногда соединение нескольких функций облегчает выполнение каждой из них (некоторые из субъединиц ДНК-полимеразы способны корректировать новосинтезированную цепь ДНК, а иначе корректировка проходила бы медленнее).