Во-первых, фенотипическое единообразие сортов вовсе не должно означать их генотипического единообразия: у каждого сорта могли быть какие-нибудь рецессивные гены, по которым, например, гомозигота была нежизнеспособна, а гетерозигота получившаяся при объединении рецессивных мутаций разных сортов оказалась жизнеспособна. Также рецессивные мутации при сочетании их с рецессивными или доминантными генами другого сорта могли проявиться в: а) неполном доминировании между генами одного и того же аллеля, б) комплементарном взаимодействии между генами разных аллелей (например, 2 рецессивных гена разных аллелей, оказавшись одновременно в одной клетке, могли стать доминантными в своих аллелях). Один из вариантов первого объяснения заключается в том, что фенотипическое единообразие многих сортов поддерживается только за счет того, что их никогда не размножают семенами, а всегда только вегетативно. Понятно, что уже просто в случае гетерозиготности сортов их потомство при половом размножении будет очень разнообразно по фенотипам. Во-вторых, растения данного вида могли быть двудомными, у них в этом случае имелись половые хромосомы, а значит могло различаться потомство, полученное в реципрокных скрещиваниях (потомство мужской особи сорта А и женской особи сорта В не похоже на потомство женской особи сорта А и мужской особи сорта В). У обоеполых растений также могли быть признаки, сцепленные с полом родителей, - это признаки, определяемые генами митохондрий и хлоропластов, и передающиеся потомству только от яйцеклетки. В-третьих, скрещивание разных сортов часто сопровождается усилением мутагенеза (повышением частоты хромосомных мутаций). Например, это может быть связано с тем, что, переместившись при кроссинговере в хромосому другого сорта, ген попал под влияние регуляторов экспрессии соседних генов и начал (или наоборот перестал) транскрибироваться.