Наличие повторов генов в хромосоме (и вообще в геноме) повышает надежность генома и служит защитой от мутаций, некоторые исследователи считают, что мутации одного из нескольких идентичных генов являются одним из основных путей появления новых белков (предполагается, что так возникли химотрипсин и миоглобин из гемоглобина); при наличии всего одного гена мутации в столь важных генах были бы скорее всего летальными. При наличии нескольких идентичных генов в хромосоме возможен более интенсивный синтез РНК, закодированных в этих генах; по-видимому, с этим связано наличие в геносоме многих копий генов, необходимых для образования транспортных РНК и рибосом. Другой пример, когда нужно много идентичных генов, - полигенные хромосомы слюнных желез личинок дрозофилл и шелковичного червя; железы должны усиленно синтезировать вещества, необходимые для образования кокона. Повторы генов могут вести к изменению фенотипа, усиливая тот полезный или вредный признак, который кодируется данным геном. Один из наиболее простых и вероятных механизмов возникновения повторов - неравный кроссинговер, при котором два идентичных гена могут оказаться рядом в одной хромосоме. Другой вариант - плазмида включает в хромосому ген, идентичный тому, который в ней уже был.