Роль пигментов в жизни животных функционально можно разделить на 3 части.
1. Пигменты органов зрения участвуют в восприятии зрительного сигнала. По мере усложнения строения органов зрения механизмы восприятия измеряются, но роль пигментов принципиально сохраняется.
2. Пигменты, содержащиеся в клетках кожи животных, обеспечивают защиту организма от воздействия ультрафиолетового излучения.
3. Наиболее многообразная роль пигментов определяющих окраску тела. Защитная окраска некоторых животных позволяют им остаться незаметными на фоне различных объектов окружающей среды. Эта окраска у одних животных может быть постоянной, у других, например, у хамелеона, она изменяется по мере изменения внешних условий.
Существуют другие разновидности приспособительной окраски, такие, как предупреждающая или отпугивающая окраска, мимикрия, окраска, служащая для привлечения добычи. У многих животных существуют безусловные рефлексы, вызываемые пигментной окраской определенных частей тела. Так, красное пятно на клюве некоторых видов чаек стимулирует глотательный рефлекс у их птенцев.
Изменение пигментной окраски тела может играть роль информативных сообщений поведении животных. Важную роль в поведении животных играет также брачный наряд.