Недостатки плацентарного типа развития вытекают из тех же его особенностей, что и достоинства. Более тесная связь эмбриона с организмом матери порождает следующие трудности:
Во-первых, вынашивание активно развивающегося, потребляющего много энергии зародыша повышает энергетические расходы матери. Во-вторых, это сильно снижает продуктивность размножения из-за длительных сроков беременности и лактации и невозможности одновременного вынашивания большого числа эмбрионов. Тесная связь двух генетически разнородных организмов порождает иммунологические затруднения (вспомните известный пример с резус-несовместимостью). Крупные размеры хорошо сформированного плода приводят к серьезным затруднениям при родах. Кроме того, чтобы детеныш успел вырасти и сформироваться, необходима длительная беременность - период, когда самка наиболее уязвима.
Вообще одной из наиболее распространенных биологических ошибок бывает такая: "Этот класс (тип) организмов в ходе эволюции приобрел такие-то черты высокий организации и получил большие преимущества в борьбе за существование". Не может быть только выгодных черт организации, любое приспособление представляет собой компромисс между его достоинствами и недостатками.