До настоящего времени традиционно считалось, что основные нарушители природного равновесия - промышленность и транспорт, а возможное вредное влияние сельского хозяйства на окружающую среду редко бралось во внимание.Интенсивное и разностороннее воздействие сельского хозяйства на окружающую среду объясняется разными факторами. Но основное из них это образование значительного количества органических отходов и утилизация их с животноводческих ферм, птицефабрик и нарушение норм и правил применения минеральных удобрений, пестицидов. Усугубление экологических проблем требует пересмотра сложившейся в теории и на практике техногенной концепции развития АПК. Главным принципом развития АПК должна стать экологизация всех мероприятий по развитию сельского хозяйства, учет природных особенностей функционирования земельных ресурсов. И уже в соответствии с этим принципом, с ориентацией на него следует осуществлять мероприятия по механизации, химизации, мелиорации, по внедрению достижений научно-технического прогресса.
Наиболее общие экологические издержки агропромышленного производства связаны с деградацией и истощением земельных ресурсов, сведением лесов, уменьшением генетического разнообразия, загрязнением ландшафтов, ухудшением фитосанитарной обстановки, ухудшением качества воды и воздуха, сокращением невозобновляемых источников энергии, изменением климата.