У прудовика, в отличие от кольчатых червей, имеется двухкамерное сердце, окруженное околосердечной сумкой. Сердце состоит из предсердия и желудочка, от которого отходят кровеносные "сосуды, несущие кровь к органам и тканям. В них она изливается в щелевидные пространства полости тела, смешивается с полостной жидкостью. Отдав кислород, растворенные питательные вещества и приняв углекислый газ и другие продукты жизнедеятельности, кровь от органов и тканей поступает в кровеносные сосуды стенок легкого, обогащается кислородом и после этого поступает в сердце. Таким образом, у моллюсков, в отличие от кольчатых червей, кровеносная система незамкнутая, поскольку кровь не только течет по кровеносным сосудам, но и изливается в остатки полости тела, где смешивается с полостной жидкостью. Смесь крови с полостной жидкостью называется гемолимфой.
Нервная система прудовика, как и у кольчатых червей, узлового (ганглионарного) типа. Однако из-за другой, более компактной формы тела прудовика она представлена только пятью парами ганглиев, расположенными в разных жизненно важных органах и соединенными нервными отростками. Такая нервная система называется разбросанно-узловой.