Птицы — это животные с высокой (около 40 °С) и постоянной температурой тела, в отличие от холоднокровных пресмыкающихся, температура тела которых зависит от температуры окружающей среды. В пищеварительной системе у птиц характерным отличием от пресмыкающихся является наличие зоба, а также желудка, состоящего из двух отделов. В дыхательной системе – появление двойного дыхания. Сердце стало четырёхкамерным – два предсердия и два желудочка. Органы выделения у птиц представлены тазовыми почками, но в отличие от пресмыкающихся отсутствует мочевой пузырь. Моча по мочеточникам поступает в клоаку и вместе с непереваренными остатками пищи частыми порциями удаляется наружу. Головной мозг птиц увеличен в размере по сравнению с головным мозгом пресмыкающихся. Мозжечок развит значительно больше, чем у других позвоночных, поскольку он — центр координации и согласованности движений, а птицы в полёте совершают очень сложные движения. Полушария переднего мозга сильно увеличены и имеют полностью сформированную кору. С этим связано усложнение поведения птицы.