Обоняние у пресмыкающихся развито лучше, чем у земноводных. Глаза защищены веками и мигательной перепонкой (третье веко). Благодаря третьему веку поверхность глаз постоянно увлажняется. Также хорошо развиты органы слуха и осязания, что помогает пресмыкающимся лучше ориентироваться в пространстве в наземных условиях жизни. Позади глаз находится пара округлых барабанных перепонок. Органом осязания является длинный, тонкий, раздвоенный на конце язык, который время от времени ящерица или змея высовывает изо рта. Кожа имеет сплошной роговой покров в виде чешуй и щитков, который защищает тело от механических повреждений, а также препятствует потере влаги. У ящериц на кончиках пальцев роговой покров образует когти. Когтями ящерица цепляется при лазаньи.
Все части скелета у рептилий образованы прочной костной тканью. Хрящ сохранился лишь в суставах. Увеличение объёма костной ткани сделало скелет более прочным и позволило увеличить размеры тела пресмыкающихся по сравнению с земноводными. Изменения в строении опорно-двигательной системы дали возможность пресмыкающимся совершать более разнообразные и быстрые движения.