Органы чувств позволяют рыбам хорошо ориентироваться в окружающей среде. Орган зрения — глаза, которые располагаются в глубоких впадинах черепа. Рыбы видят на сравнительно близких расстояниях и различают только форму и цвет предмета.
Органы обоняния — парные обонятельные мешки, выстланы чувствительными клетками. Они сообщаются с внешней средой через ноздри.
Орган слуха и равновесия представлен одним отделом — внутренним ухом, расположенным в задней части черепа и не имеющим связи с внешней средой. Звуковые волны передаются через кости черепа непосредственно внутреннему уху.
Орган вкуса представлен чувствительными клетками, которые расположены не только в ротовой полости, но и по всей поверхности тела, как и осязательные клетки. У некоторых рыб на голове есть осязательные усики (сазан, сом, треска).
Боковая линия — специальный орган рыб, воспринимающий давление воды. Это канал в толще кожи по бокам тела. Он сообщается с внешней средой рядом отверстий и содержит чувствительные клетки. Эти клетки воспринимают направление и силу тока воды, а также очень тонкие звуковые колебания. Благодаря боковой линии рыбы могут обходить препятствия, не видя их, ориентироваться в воде и держаться в стае.