Обстановка в первые годы правления Ивана III была сложной. Ахмат — хан Большой Орды, наследницы и самой значительной части бывшей Золотой Орды, — планировал поход на Русь. Поблизости от наиболее развитых земель Северо-Восточной Руси набирало силы Казанское ханство. Набеги со стороны этого ханства были особенно болезненными для развивавшегося Русского государства.
В начале своего правления Иван III присоединил Ярославское и Ростовское княжества. В 1467 г. начались войны Москвы с Казанью. В результате многих походов и боев казанский хан был вынужден заключить мир на условиях великого князя, среди которых было и условие выдачи всех захваченных в плен за сорок лет русских людей. Во время этой войны складывалось центральное военное ведомство — будущий Разрядный приказ.
Тем временем часть правивших в Великом Новгороде бояр взяли курс на сближение с Литвой. К этому их подталкивало понимание, что вольный Новгород доживает последние дни. Как казалось, лишь в составе Великого княжества Литовского новгородские бояре могли бы сохранить не только свою независимость и власть, но и гарантировать неприкосновенность своих богатств. При этом их мало смущало, что во главе Литвы находились католики. Великий князь литовский Казимир IV, являвшийся одновременно и королем Польши, обещал оказать помощь Новгороду, однако в решающий момент ничего не предпринял. Напротив, Иван воспользовался ситуацией. Он обвинил новгородцев не только в измене ему как великому князю владимирскому (Новгород формально подчинялся ему), но и в измене православию. В самом Новгороде было немало противников сближения с Литвой, особенно среди простых жителей и духовенства.
Победа Москвы над Новгородом в 1471 г. знаменовала собой победу идеи о соединении русских земель под покровительством Москвы. В 1478 г. Новгород окончательно был присоединен к Москве. После ликвидации вече управлять делами Новгорода стал наместник московского князя.