Правительство Василия Шуйского стремилось стабилизировать положение в стране, укрепить свою власть. Главной своей задачей Василий Шуйский, вероятно, считал обеспечение поддержки со стороны всего господствующего класса и вместе с тем стремился отколоть хотя бы часть холопов от Болотникова. К этой цели были направлены два закона, принятых в марте 1607 г. Указ 7 марта значительно смягчил положение добровольных холопов: вне зависимости от срока службы им разрешалось, если они не дали на себя кабалы, уходить от своих владельцев. 9 марта было принято вместе с Боярской думой и высшим духовенством уложение о крестьянах. Оно вводило 15-летний вместо 5-летнего срок исковой давности по делам о беглых; устанавливался жесткий режим расследования о беглых крестьянах: каждого пришлого человека местная администрация должна была «спрашивати накрепко, чей он, и откуда и когда бежал». Вводились суровые денежные санкции для тех, кто принимает беглых крестьян. Неустойчивость власти Василия Шуйского, то обстоятельство, что во многих уездах считали царем по-прежнему «Дмитрия Ивановича», не дало, видимо, возможности осуществить на практике эти законы. Они имели скорее пропагандистское значение.
Иван Исаевич Болотников был боевым (военным) холопом князя Телятевского. От него он бежал к донским казакам, был захвачен в плен крымскими татарами и продан в рабство в качестве гребца на турецкую галеру. После разгрома турецкого флота немецкими кораблями И. И. Болотников оказался в Венеции, откуда через Германию и Польшу попал в Путивль. В Путивль И. И. Болотников прибыл в качестве воеводы царя Дмитрия. Это произошло после встречи И. И. Болотникова в Самборе в замке Мнишков с похожим на Лжедмитрия I Михаилом Молчановым, бежавшим из Москвы и выдававшим себя за спасшегося царя. И. И. Болотников получил от Молчанова грамоту, скрепленную государственной печатью, в которой он назначался воеводой царя (печать выкрал из Москвы Молчанов), саблю, шубу и 60 дукатов. В октябре 1606 г. армия И. И. Болотникова осадила Москву, расположившись у села Коломенского. В это время на стороне восставших было более 70 городов. Два месяца длилась осада Москвы. В решающий момент измена дворянских отрядов, перешедших на сторону Василия Шуйского, привела к разгрому армии И. И. Болотникова. Добиваясь поддержки бояр и дворян, Василий Шуйский в марте 1607 г. издал «Уложение о крестьянах», вводившее 15-летний срок сыска беглых.
И. И. Болотников был отброшен к Калуге и осажден царскими войсками. С помощью пришедшей с Терека по Волге повстанческой армии «царевича Петра» (так называл себя холоп Илья Горчаков— Илейка Муромец) И. И. Болотников вырвался из осады и отступил к Туле. Трехмесячную осаду Тулы возглавил сам Василий Шуйский. Река Упа был перегорожена плотиной и крепость затоплена. После обещания В. И. Шуйского сохранить жизнь восставшим те открыли ворота Тулы. Царь жестоко расправился с повстанцами. И. И. Болотников был ослеплен, а затем утоплен в проруби в городе Каргополе. Илейка Муромец был казнен в Москве.