В XVI в. продолжала существовать Боярская дума на правах совещательного органа при великом князе. Количество членов Думы (включая окольничих) не превышало 24 человек. В XVI в. в число думных бояр начинают жаловать и князей. До середины века существовало лишь два общегосударственных центральных учреждения: Дворец — ведавший великокняжескими землями и Казна (Казенный двор) — главный финансовый орган и государственная канцелярия. В середине века из Казны выделяются приказы — центральные органы отраслевого управления: Поместньш, ведавший земельными раздачами дворянам, Разрядный, обеспечивавший их жалованьем и ведший учет всех служилых людей, — как бы структурировал правящий класс, Разбойный, Посольский, Челобитный.
Государственная территория делилась на уезды (близкие к бывшим княжествам), а уезды делились на волости. Во главе уезда стоял наместник волости — во-лостель. Должности эти давались, как правило, за прежнюю военную службу. Поэтому административные и судебные обязанности оказывались лишь обременительным довеском к получаемому наместническому «корму». Отстутствие стабильных местных органов власти делало личную власть князя наверху сильнее, чем на местах.