В 1448 году Русская православная церковь стала автокефальной — самостоятельной по отношению к вселенскому патриарху, сидевшему в Византии. Теснимые турками, византийцы всячески стремились заключить церковную унию с католическим Римом, тщетно надеясь таким образом получить помощь от Запада в борьбе с османами. Не согласная с такой позицией, Русская православная церковь объявила о своей самостоятельности. В 1448 году рязанский епископ Иона был «наречен во митрополиты» не константинопольской патриархией, а собором русских епископов. Таким образом, вековая зависимость в делах церкви от Константинополя оказалась поколебленной. Изменилась сама схема церковно-политических представлений русских людей. Считавшие дотоле нормой в вопросах веры подчиняться авторитету греков, они теперь сочли возможным претендовать на самостоятельность своей церкви.
Во главе Русской православной церкви стоял митрополит. До середины XV века русские митрополиты назначались константинопольским патриархом. Но после объявления самостоятельности они стали избираться собором русских епископов сначала по согласованию со светской властью, а потом и по прямому указанию московских великих князей. Церковь и ее территориальные отделения владели землями, деревнями и слугами, управляли владениями, собирали доходы и судили подчиненное духовенство и мирян. В подчинении епископов находились приходы и монастыри. Главные вопросы решались на Соборе русских епископов