Музейная сеть на Кубани начата формироваться во второй половине XIX века. Первым ее учреждением считается музей в станице Ключевой, возникший в 1864 году по инициативе и при непосредственном руководстве командира Псекупского полка полковника И. Д. Попко. В нем было три отделения: этнографическое (1864), палеонтологическое (1866) и минералогическое (1867) .
В 1868 году сравнительное обилие музейных экспонатов позволило Ивану Диомидовичу создать еще один музей - в местной школе станицы Ключевой. Школьный музей организовывался по образцу полкового - из трех отделений (этнографического, палеонтологического и минералогического). Всего в школу изначально было передано 23 предмета
В 1879 году в Екатериподаре при областном статистическом комитете известным общественным деятелем Е. Д. Федицыным был открыт Кубанский войсковой этнографический и естест-венноисторический музей. Он состоял из отделов по зоологии, ботанике, археологии, нумизматике, минералогии и этнографии , а также горского отдела. Основу экспозиции составили личные собрания краеведа. Уникальной являлась коллекция половецких баб. 18 февраля 1902 года решением Екатеринодар-ской городской думы была учреждена коллекция школьных наглядных пособий, тогда же ей было присвоено наименование Городского музея школьных наглядных пособий им. Н. В. Гоголя
В 1903 году Ф. А. Коваленко передал в дар городу Екатеринодару свое частное собрание, что явилось основой для создания первого художественного музея на Кубани.